Αυθαίρετες και επιζήμιες για τα παιδιά πρακτικές που αφορούσαν σε βασικούς τομείς της ζωής τους καταγράφει η έκθεση-φωτιά 23 σελίδων του Συνηγόρου του Πολίτη σε σχέση με τη λειτουργία της Κιβωτού του Κόσμου και τον ηγετικό ρόλο του πατρός Αντώνιου στις δομές φιλοξενίας παιδιών και εφήβων της οργάνωσης.
Μεταξύ άλλων επισημαίνει τις επιζήμιες πρακτικές που δεν ελέγχθηκαν ούτε αμφισβητήθηκαν από τις αρμόδιες κρατικές υπηρεσίες σε σχέση με την «διαχείριση της συμπεριφοράς και των δυσκολιών των παιδιών, την εκπαίδευση και προετοιμασία για την ένταξή τους στην αγορά εργασίας, την επικοινωνία με την οικογένεια τους και άλλα πρόσωπα εκτός της οργάνωσης, τον σεβασμό της προσωπικότητας και της ιδιωτικής τους ζωής, και την κοινωνική τους ζωή και συμμετοχή με τρόπο ανάλογο με τους λοιπούς συνομηλίκους τους».
Τονίζεται πως ο ιδρυτής της «Κιβωτού του Κόσμου», πάτερ Αντώνιος, μολονότι δεν συμμετείχε στο Διοικητικό Συμβούλιο, είχε πρωταρχικό ρόλο στη λειτουργία της οργάνωσης και στη λήψη αποφάσεων σε όλους τους τομείς, ενώ σε έγγραφα χαρακτηρίζεται ως «πνευματικός πατέρας» των παιδιών και «το πιο σημαντικό πρόσωπο αναφοράς» για αυτά. Κατά συνέπεια, το μοντέλο λειτουργίας της οργάνωσης, το οποίο βασίζονταν στην κρίση και τις απόψεις του για την διαπαιδαγώγηση και εν γένει μεταχείριση των παιδιών, όπως διαφάνηκε από την έρευνα, δεν επιδέχονταν κριτικής ή αμφισβήτησης και εφαρμόζονταν σε όλα τα Παραρτήματα, υπό την εποπτεία μιας ομάδας στενών συνεργατών του, κάποιοι εκ των οποίων συμμετείχαν και στην διοίκηση.
Σε άλλο σημείο ο Συνήγορος του Πολίτη τονίζει πως βασικό πρόβλημα στη λειτουργία της ΜΚΟ αποτελεί το γεγονός ότι υπήρξε απουσία ελέγχου λόγω του κύρους και της ευρείας κοινωνικής αποδοχής που περιέβαλλαν την δημόσια εικόνα του πατέρα Αντώνιου και τα οποία «είχαν καταστήσει την Κιβωτό του Κόσμου ουσιαστικά υπεράνω κριτικής ή ελέγχου από τους αρμόδιους φορείς της Πολιτείας».
Πολλά σοβαρά προβλήματα που διαπίστωσε ο Συνήγορος του Πολίτη δεν αποτυπώνονται στις εκθέσεις ελέγχου των αρμοδίων κοινωνικών συμβούλων, οι οποίες περιορίζονται σε καταγραφή στοιχείων για τη νομική μορφή, την αδειοδότηση, τη στελέχωση και τις κτιριακές εγκαταστάσεις των δομών, χωρίς αναφορά στην ποιότητα της παρεχόμενης φροντίδας ή στα δικαιώματα των φιλοξενούμενων παιδιών. Αυτό παρότι σε κάποιες από αυτές μνημονεύεται η αδυναμία διενέργειας ουσιαστικού ελέγχου στους τομείς αυτούς, καθώς υπήρχε απουσία θεσμικού πλαισίου για την λειτουργία των μονάδων παιδικής προστασίας, όπως αναφέρεται χαρακτηριστικά.
Εκτενής αναφορά υπάρχει σε ποικίλες μορφές παιδικής και εφηβικής εργασίας καθώς αγόρια εφηβικής ηλικίας εξαναγκάζονταν σε πολύωρη καθημερινή εργασία, σε ιδιαίτερα δυσμενείς συνθήκες, σε αγροτικές εργασίες, στη φροντίδα ζώων ή για την κάλυψη αναγκών καθημερινής λειτουργίας των δομών. Επισημαίνεται πως οι εργασίες αυτές σε πολλές περιπτώσεις παρουσιαζόταν ως πρακτική άσκηση ή μαθητεία στο πλαίσιο άτυπων προγραμμάτων κατάρτισης που λειτουργούσαν στις δομές, αλλά επίσης απαιτούνταν από τα παιδιά ως συμβολή έναντι των παροχών που λάμβαναν από την οργάνωση, ή επιβάλλονταν ως τιμωρία.
Όπως συνοψίζεται στο πόρισμα:
«Η απουσία, μέχρι πρότινος, θεσμικού πλαισίου για τη λειτουργία των Μονάδων Παιδικής Προστασίας του ιδιωτικού τομέα, σε συνδυασμό με την ανεπάρκεια των μηχανισμών και διαδικασιών ελέγχου, συνέβαλαν στη λειτουργία των δομών φιλοξενίας της Κιβωτού του Κόσμου επί σειρά ετών βάσει ενός ιδιότυπου και αυθαίρετου συστήματος κανόνων εμπνεύσεως του ιδρυτή της, το οποίο δεν επιδέχονταν αμφισβήτησης, μολονότι παράβλεπε τα σύγχρονα δεδομένα και αντιλήψεις για την ανατροφή και τις ανάγκες των παιδιών, αλλά και τις προβλέψεις της νομοθεσίας σχετικά με τα δικαιώματά τους. Τα παραπάνω αναδεικνύουν τη σημασία της θέσπισης κανόνων και προδιαγραφών λειτουργίας των εν λόγω μονάδων με την ΚΥΑ 40949/2022, ως αναγκαία προϋπόθεση για την διασφάλιση της ποιότητας της παρεχόμενης φροντίδας και την ουσιαστική επιτέλεση του έργου των ελεγκτικών μηχανισμών».